Una relazione manoscritta del ‘700 , dell’Arciprete Agatino Giacco così descrive il paese:
"Nel Val di Mazzara, dentro la Diocesi, Comarchia, e territorio di Girgenti, nelle spalle di un monte mediocremente inclinato, e nell’estremità meridionale del Feudo di Diesi, giace Aragona a dirimpetto del sole nascente, terra molto popolata ed amena. Circondata da innumerevoli alberi d’ogni sorta, che le danno un vago e dilettevole aspetto. Dista dalla Marina ed Emporio di Girgenti duodeci miglia, otto dalla Città; e sessanta verso tramontana da Palermo.
L’aria è ventilata, sottile e molto sana; il vento greco, quando nell’inverno costantemente soffia, reca gran molestia agli abitanti ed i morbi acuti, e specialmente le pleuritidi facilmente si aggravano; i convalescenti presto si ristabiliscono: sempre si trovano parecchi che avanzano i novant’anni dell’età loro, molti che contano sopra sessanta. 
La popolazione si numera da circa seimila e seicento persone in fochi 1936. La sobrietà del vitto e pasto si osserva dalla maggior parte. L’indole dei paesani è per lo più impaziente, contenziosa, svogliata alle serie e lunghe applicazioni, e però sono pochi quelli, che riescono alle ardue imprese ed alle lunghe fatiche".

Le origini e la storia di Aragona sono strettamente legate al feudo Diesi e alla famiglia Naselli che venne in possesso del feudo il 6 ottobre 1499 in seguito al matrimonio di Baldassare I Naselli, barone di Comiso e Isabella Montaperto, la quale portava in dote i feudi Diesi, Brucali e Macaluba.
I Naselli hanno avuto la loro origine nella Lombardia e furono potentissimi nella città di Milano.
Perriconio Naselli passò in Sicilia sotto il Re Federico II nel 1298, il quale in ricompensa per i servigi militari ebbe dal re alcuni feudi nel territorio di Butera ed entrò a far parte della nobiltà siciliana.
Aragona fu edificata con i criteri urbanistici tipici dell’epoca che comprendevano una geometria di maglie viarie regolari delimitanti ampi isolati, all’interno dei quali si sviluppavano un po’ disordinatamente vicoli, abitazioni asimmetriche con cortili e scale.
Ma questa piccola confusione urbanistica era ancora a "misura d’uomo" se confrontata con le successive ondate edilizie che hanno riempito di case nuove intere zone del paese mutandone in parte il contesto storico-ambientale.
Fu fondata nel 1606 da Baldassarre Naselli nel feudo Diesi dove già esisteva un piccolo insediamento urbano.
La "licentia populandi" per costruire il paese di Aragona era stata concessa inizialmente da Carlo V a Gaspare Naselli che fu barone del feudo Diesi dal 1549 al 1555, ma per la brevità della sua vita quest’ultimo non riuscì a portare a termine la costruzione del paese.
Naselli, marito di Donna Beatrice Aragona Branciforte, cercò di completare la costruzione del paese senza riuscirvi. Il nuovo centro abitato fu definitivamente costruito dal figlio Baldassarre Naselli che il 7 gennaio 1606 ottenne dal viceré Lorenzo Suarez la "licentia populandi", confermata poi dal re Filippo II il 31 dicembre 1606. 
Nacque così il nuovo centro abitato che prese il nome della madre del suo fondatore (Donna Beatrice Aragona Branciforte) e si sviluppò in sintonia con la famiglia Naselli.
Per le sue origini Aragona fu un paese baronale amministrato totalmente dai baroni Naselli che, oltre ad imporre gabelle, esercitarono anche il potere civile e penale avendo comprato il mero e misto impero nel giugno del 1606. 
Le prime notizie del feudo Diesi in cui sorge Aragona si hanno alla fine del secolo XIV allorché risultava iscritto nei registri dei Baroni di Federico Il sotto il nome di Casale Diesi. Nei primi decenni del 1300 appartenne a Mariano Capace che lo vendette a Nicolò Abate.
Questi a sua volta, nel settembre del 1372, lo vendette a Rinoldo Bonito che ne fu spodestato per la sua ribellione al re Martino e passò a Raimondo Montecatino. Il feudo passò quindi a Guglielmo Ventimiglia, il 2 Luglio 1395, e dopo 22 anni pervenne ad Antonio Bonito.
Alla sua morte il feudo passo alla figlia Margaritella, dalla quale nacquero Pietro Antonio, morto nel 1516 senza eredi, e Isabella che il 6 ottobre 1499 sposò Baldassarre Naselli portandovi in dote il feudo Casale Diesi.
Con questo matrimonio il feudo a cui è legata l’origine di Aragona, passò ai baroni Naselli che lo conservarono fino all’estinzione del ramo maschile della loro famiglia nel 1862.
Filippo IV elevò la baronia di Aragona e delle sue terre a Principato nel 1625, mentre era signore di Aragona Luigi Naselli, viceré degli Abruzzi. L’ultimo erede diretto dei Naselli fu Baldassarre morto nel 1862 senza figli per cui il titolo e l’eredità passarono a suo nipote Sacerdote Luigi Burgio Naselli che nel 1877, dopo il fallimento delle miniere di zolfo, diede i beni ancora alle Suore di carità di S. Vincenzo di Paola. 
Per più di due secoli e mezzo dalle sue origini, Aragona crebbe e si sviluppò legando le sue vicende a quelle dei baroni Naselli divenuti Principi. 
Durante il periodo risorgimentale il paese, però, ebbe un risveglio sociale partecipando agli avvenimenti regionali e nazionali anche se in modo limitato.
Nel 1848 Giuseppe Guerrera portò ad Aragona da Palermo il proclama redatto da Francesco Bagnasco e, scritto a mano in diverse copie fu distribuito alla popolazione.
Molti sacerdoti aragonesi stimolati dall’atteggiamento favorevole del vescovo Mons. Loiacono manifestarono nell’occasione le loro idee patriottiche incitando alla rivoluzione.
I fratelli Giulio e Salvatore Di Benedetto, animatori del movimento, appresa la notizia dell’insurrezione di Palermo inalberarono il vessillo tricolore nella Chiesa del Rosario,  mentre una gran folla si accalcava in piazza gridando viva Pio IX, viva la rivoluzione.
Fu costituita la guardia nazionale alla quale aderirono, oltre ai fratelli Di Benedetto, anche Giuseppe Guerrera, Don Antonio Magiordomo, il Dott. Alfonso Calleja e il Barone Antonio Rotulo.
A presiedere il Comune fu nominato Antonio Magiordomo mentre Baldassarre Naselli veniva nominato rappresentante del parlamento generale di Sicilia. 
Fallita la rivoluzione, tornarono i Borboni ed ebbero inizio le persecuzioni. I fratelli Di Benedetto furono messi in carcere per 11 mesi mentre la loro famiglia fu sottoposta a continue vessazioni.
Nel maggio del 1860, allorché ad Aragona giunse l’eco dell’impresa di Garibaldi, si costituì un nuovo magistrato municipale presieduto da Antonio Morreale.
I fratelli Giulio e Salvatore Di Benedetto assieme al fratello più piccolo Settimo si arruolarono nell’esercito garibaldino e parteciparono alla battaglia di Volturno. Si distinsero per il loro comportamento ottenendo molti riconoscimenti.
Il 29 maggio 1860 ad Aragona venne organizzata una sfilata di tutti i cittadini che si concluse in piazza Madre nella cui Chiesa venne cantato un Te Deum alla presenza del clero aragonese.
 Il 6 giugno il magistrato comunale aragonese inviò un messaggio a  Garibaldi con il quale il Comune aderiva a che egli assumesse la dittatura dell’Isola in nome di Vittorio Emanuele II e venisse proclamata l’annessione della Sicilia al Regno d’Italia.
Ben presto però, vennero le delusioni nel paese specialmente quando si dovettero incominciare a pagare le tasse tanto che per intimorire la popolazione fu inviata la milizia.
Alla fine del secolo scorso, nel 1890 ad Aragona vi era una guarnigione di 25 soldati comandati da un tenente.
La loro presenza si inserisce nel quadro dei fasci dei lavoratori e degli scioperi che c’erano stati ad Aragona.
Il 20 novembre del 1890 c’era stata addirittura una sommossa con il tentativo di incendio del Circolo dei civili e nel 1893 e 1894 continuarono gli scioperi.
Negli anni successivi la vita aragonese è segnata dalla partecipazione agli eventi bellici e dai mutamenti sociali legati alle miniere di zolfo, alle trasformazioni agricole e all’emigrazione. Il movimento operaio, prima e dopo le due guerre, favorito dall’aggregazione derivante dalla presenza delle miniere e spinto dalle condizioni economiche e sociali alquanto insopportabili, fu molto attivo e con una serie di scioperi e di rivendicazioni economiche ottenne sensibili miglioramenti e svolse un ruolo attivo nella politica sociale.
Dal 1900 circa un gruppo di miniere site nel territorio di Aragona in contrada MINTINI si consorziarono fra di loro in modo da formare un complesso industriale. Verso la fine dell’ottocento in tale gruppo di miniere operò Stefano Pirandello sia come commerciante sia come produttore di zolfo attraverso un contratto di gabella che stipulò con il principe di Aragona. 
La miniera Taccia-Caci fu fonte di notevole guadagno per la famiglia Pirandello, ma anche causa del dissesto finanziario che compromise la salute mentale della moglie dello scrittore Donna Antonietta Portolano, e che ritorna variamente nelle sue opere, determinando che la vocazione alla letteratura diventi scelta obbligata, il mezzo per procurarsi da vivere e far quadrare il bilancio familiare.
Alla fine dell’800 per opera del Sac. Vincenzo Gandolfo venne fondata la Cassa Rurale per aiutare i contadini con prestiti al tasso dell’8,5%. Nel 1901 un convegno interdiocesano stabilì che la Cassa Rurale doveva esclusivamente servire ad agevolare il piccolo credito agricolo.
L’ultimo conflitto bellico coinvolse direttamente il centro urbano; anche se in modo marginale e per qualche episodio sporadico.
Aragona, infatti, fu sede di distaccamenti del decimo reggimento bersaglieri e del cinquantottesimo fanteria per cui durante l’avanzata dell’esercito anglo americano si ebbero dei combattimenti nella località di "Passu Funnutu" e alcuni bombardamenti nel centro urbano di limitata importanza per la scarsa resistenza opposta all’avanzata nemica.
I soldati erano ospitati nella Chiesa sconsacrata del Purgatorio mentre il quartier generale si trovava nella palazzina Carruba, in periferia del paese. La Chiesa del Purgatorio venne adibita a magazzino del genio militare mentre la polveriera venne dislocata nei pressi del cimitero; in contrada Quattro Strade venne istituito un altro deposito.
Durante l’avanzata dell’esercito anglo americano i depositi dell’esercito italiano furono assaliti e saccheggiati da gruppi di persone spinti dalla fame e dalla mancanza di generi di prima necessità. Gli anni della ricostruzione e dello sviluppo industriale nazionale si caratterizzano ad Aragona per le lotte e le rivendicazioni degli zolfatai fino alla chiusura delle miniere e per l’emigrazione che ha ridotto la crescita del paese e il suo sviluppo economico.
L’agricoltura ha in parte cambiato volto e si è modernizzata ma si è invecchiata nella sua componente lavorativa, preferendo le nuove generazioni un lavoro nell’industria, l’impiego o l’emigrazione all’attività agricola, che da sempre è la principale attività del paese.
Come in tutte le terre toccate in modo massiccio dal fenomeno dell’emigrazione, lo sviluppo edilizio disordinato è stato alimentato dall’esigenza/desiderio dell’emigrato di investire i suoi risparmi in una casa in "paese", luogo mitico del ‘ritorno" e del "possesso" come riappropriazione di identità. Quest’entroterra agrigentino, di solito escluso dai tradizionali itinerari turistici, offre un’ampia varietà di condizioni ambientali e storico-culturali che, anche se non eclatanti, costituiscono un insieme non indifferente da offrire ad un modello di turista meno distratto.
Nei dintorni di Aragona, esistono piccoli tesori d’arte abbandonati o ambienti naturali quali la Torre del Salto d’Angiò, le antiche miniere di zolfo, il grande "blob" del Maccalube, che certamente possono affascinare il turista.
Nella Cripta sotto la chiesa del Rosario, nel 1997 è stata allestita una mostra permanente del Tesoro della chiesa con l’esposizione di  dipinti,ori e argenti, documenti e paramenti tra cui splendidi ostensori e un deliziosa urna argentea per la reliquia della Sacra Sindone.
Se il Duca Santo del Gattopardo Giulio Tomasi di Lampedusa, fondatore di Palma, aveva ottenuto dai Savoia una Sacra Sindone, copia estratta dal vero originale di Torino l’anno 1656, per la chiesa del Calvario e oggi conservata presso il Collegio di Maria di Palma, nel 1684, a sua volta, il principe di Aragona Baldassare IV Naselli, la cui figlia Melchiorra nel 1669 aveva sposato il figlio di Giulio Ferdinando I Tomasi, ottenne un frammento del sacro lenzuolo.
Per questa preziosa reliquia lo stesso principe Naselli, amante dell’arte e fine collezionista di opere di grandi artisti, fece costruire un’urna argentea dove, incastonata in un reliquiario a pendente, circondato da una cornicetta con smalti neri su oro, fu conservato il prezioso brandello della Sindone.
L’ argentiere palermitano Giacinto Amodei modellò questo piccolo ma geniale gioiello, dove l’invenzione architettonica delle cornici e dell’intero impianto ben si armonizza con la presenza di eleganti figurine quali gli angeli reggenti, richiamanti le cariatidi, o le figure simboliche, ben collocate ad arricchire gli angoli. Il tutto trova la sua conclusione più indovinata nella raffinata statuetta dell’Ecce Homo piena di movimento e di grande pathos.